Setiap kali virus atau bahan lain yang tidak diingini cuba memasuki badan anda dan menetapkan peraturannya sendiri di sana, sistem imun mula melawan. Dalam permainan Perintah sistem imun, anda akan melihat ini secara langsung dan juga dapat membantu sistem menangkis serangan dari luar. Kali ini badan mengalami serangan ganas pelbagai virus. Mereka muncul di sebelah kanan, di sebelah kiri, terbang dari atas. Anda mesti klik pada elemen di bawah supaya mereka melepaskan antibodi terhadap virus dan bakteria yang akan memusnahkan penjahat dan mereka tidak akan dapat mencapai matlamat mereka - pemusnahan dalam Perintah sistem Imun.