Di bandar yang telah lama menderita, orang jahat telah kembali dalam Permainan 3D Naruto. Secara harfiah sehari sebelumnya, wira kuning berurusan dengan raksasa Huggy dan penduduk bandar mengeluh dengan tenang, tetapi raksasa mainan telah digantikan oleh orang jahat - ninja hitam, dan hanya wira yang anda kenali dengan baik di bawah nama Naruto boleh mengendalikan mereka. Seorang lelaki dalam jumpsuit cerah dengan rambut kuning melekat bersedia untuk menyelamatkan bandar sekali lagi. Di bahagian atas sebelah kanan anda akan menemui peta di mana penyamun ditandakan dengan titik merah. Gunakan anak panah ASDW untuk menggerakkan wira, dan sebaik sahaja anda menjumpai penjahat, musnahkan dia, seperti yang Naruto tahu bagaimana. Klik pada butang tetikus, dan wira akan melakukan segala-galanya sendiri. Musuh akan jatuh jika palang di atas kepalanya hilang dalam Permainan 3D Naruto.