Pada Zaman Pertengahan, pertempuran sengit antara kapal berlaku antara banyak negara di lautan. Anda dalam permainan Ships 3D mengambil bahagian dalam pertempuran ini sebagai kapten kapal. Sebelum anda pada skrin akan kelihatan kepada kapal anda, yang akan belayar di laut. Berdasarkan peta, anda perlu mencari kapal musuh. Setelah menemui mereka, anda akan berkumpul dengan mereka pada jarak tertentu. Selepas itu, membidik kapal musuh, melepaskan tembakan dari meriam. Jika penglihatan anda tepat, maka teras anda akan mengenai kapal musuh, menyebabkan lubang di dalamnya, dan mereka akan tenggelam. Untuk setiap kapal yang musnah anda akan diberikan mata dalam permainan Ships 3D. Anda juga akan dipecat. Anda perlu menggerakkan kapal anda untuk menjadikannya lebih sukar untuk dipukul.