Sehingga sekarang, Mario hanya berurusan dengan cendawan, siput dan pelayan musuh Bowser yang abadi. Tetapi ini hanyalah bunga berbanding yang menantinya di Super Mario Commander. Serangan berbahaya dari luar angkasa dibuat secara tiba-tiba di Dunia Mario. Makhluk yang dahsyat dan ganas, bersenjata, merosakkan kerajaan yang damai. Mario harus mengambil senjata yang serius dan memainkan peranan sebagai pahlawan super. Dan agar dia berjaya, bantu tukang paip menguasai peranan baru untuk dirinya sendiri. Adalah perlu untuk membersihkan platform perompak angkasa dan membawa dunia kembali ke bumi kembali dalam Super Mario Commander.