Dalam permainan Fruit Doctor, sebagai doktor, anda akan pergi ke kerajaan sihir di mana pelbagai buah hidup berdampingan dengan orang. Anda akan bekerja di hospital yang merawat makhluk-makhluk luar biasa ini. Sebelum anda di skrin anda akan melihat pejabat anda di mana pesakit akan berada di atas meja. Ia boleh menjadi buah apa pun. Untuk memulakan rawatan, anda perlu mendiagnosisnya. Sekiranya anda menghadapi kesukaran dalam permainan, ada pertolongan, yang akan menunjukkan kepada anda urutan tindakan dalam bentuk petua. Setelah menyelesaikannya, anda dapat menyembuhkan pesakit anda dan melangkah ke peringkat permainan yang seterusnya.