SpongeBob dan rakan-rakannya pergi melawat kerajaan bawah laut. Di sini mereka ingin mengambil bahagian dalam kejohanan catur. Dalam Bikini Bottom Chess anda akan membantu SpongeBob memenanginya. Papan catur akan muncul di layar di padang permainan di mana akan ada kepingan putih dan hitam. Mereka akan dibuat dalam bentuk pelbagai makhluk laut. Setiap bahagian hanya boleh bergerak mengikut peraturan tertentu. Anda boleh membiasakan mereka dengan membaca arahan khas pada awal permainan. Permainan kemudian akan dimulakan. Tugas anda adalah untuk membuat gerakan dan menghancurkan kepingan lawan untuk berusaha meletakkan rajanya sebagai rakan sekeping. Sekiranya anda berjaya, anda akan memenangi permainan.