Sonic, bersama dengan rakan-rakannya, memutuskan untuk pergi jauh ke dalam hutan untuk mencari di sana sebuah kuil kuno di mana, menurut legenda, harta karun peradaban Maya yang hilang tersembunyi. Anda dalam permainan Sonic 2 Heroes akan menolong mereka dalam pengembaraan ini. Sonic akan kelihatan di layar di hadapan anda, bersama dengan rakan-rakannya, yang akan berada di awal jejak. Anda boleh menggunakan kekunci kawalan untuk mengawal semua watak sekaligus. Anda perlu menjadikannya maju. Dalam perjalanan mereka, akan ada lubang di tanah dan rintangan ketinggian yang berbeza. Anda perlu membuat pahlawan melompati jurang dan mengatasi halangan dengan pantas. Sekiranya anda mendapat wang syiling emas, anda mesti mengumpulkannya.