Di Jepun purba, terdapat perang yang berterusan antara dua kasta pahlawan - samurai dan ninja. Anda dalam permainan Ninja Runner akan bertarung di sebelah Orde Ninjas. Watak anda menerima perintah dari ketua perintah untuk melakukan peninjauan di satu hutan, di mana detasmen samurai dapat disembunyikan. Wira anda dengan berani menjunam ke dalam hutan dan berlari sepanjang jalan. Banyak bahaya dan perangkap menanti dia dalam perjalanannya. Anda mengawal watak anda perlu membuatnya melompat dan tidak jatuh ke dalam perangkap ini. Jika anda menjumpai askar musuh, anda perlu memusnahkan mereka semua dengan bantuan pedang. Hanya mengumpul pelbagai perkara yang jatuh ke dalam jalannya.