தொற்றுநோய் 2 விளையாட்டின் இரண்டாம் பகுதியில், ஒரு கொடிய தொற்றுநோயாக அனைத்து மனித இனத்தையும் அழிக்கும் உங்கள் பணியைத் தொடருவீர்கள். வைரஸ், பாக்டீரியா அல்லது ஒட்டுண்ணி: நோயின் வகையை நீங்கள் தேர்ந்தெடுப்பதன் மூலம் விளையாட்டு தொடங்குகிறது. உங்கள் தொற்றுக்கான தொடக்க புள்ளியை நீங்கள் தேர்வு செய்வீர்கள். அங்கிருந்து நீங்கள் உங்கள் நோயை உலகம் முழுவதும் பரப்ப வேண்டும். உலகம் முழுவதும் பரவுவதன் மூலம், உங்கள் நோயை மேம்படுத்தி, மக்கள் பாதிக்கப்படாதவாறு செய்யலாம். உங்கள் வைரஸை தொடர்ந்து மாற்றியமைக்கவும், இதனால் மனிதகுலம் அதை குணப்படுத்த முடியாது. எனவே படிப்படியாக நீங்கள் தொற்றுநோய் 2 விளையாட்டில் கிரகத்தின் முழு மக்களையும் அழிப்பீர்கள்
