வைரஸ் நிஞ்ஜா 2 விளையாட்டின் இரண்டாம் பகுதியில், நீங்கள் ஒரு தைரியமான நிஞ்ஜா போர்வீரருக்கு பல்வேறு வைரஸ்களை எதிர்த்துப் போராட உதவுவீர்கள். நீங்கள் திரையில் முன் ஒரு விளையாட்டு மைதானம் இருக்கும், அதில் பல்வேறு பாக்டீரியாக்கள் தோன்றும். அவை வெவ்வேறு திசைகளிலும் வெவ்வேறு வேகத்திலும் நகரும். அவற்றை அழிக்க நீங்கள் ஒரு வாளைப் பயன்படுத்த வேண்டும். திரையை கவனமாகப் பார்த்து, சுட்டியைக் கொண்டு பொருட்களை இயக்கவும். இதனால், நீங்கள் பாக்டீரியாவைத் தாக்கி அவற்றை துண்டுகளாக நறுக்குவீர்கள். சில நேரங்களில் இந்த பொருட்களில் குண்டுகள் தோன்றக்கூடும். நீங்கள் அவர்களை ஆடுவதில்லை.
