Pencerobohan makhluk asing dalam Animals vs Zombies mencetuskan kemunculan zombi. Tetamu yang tidak diundang dari angkasa lepas membawa bersama mereka virus yang mengubah orang menjadi mati hidup. Keadaan bertambah buruk sehinggalah berlaku kejadian aneh. Ia bermula dengan sekumpulan zombi yang dikawal oleh makhluk asing menyerang rumah petani. Anjing halamannya datang membela pemiliknya dan tiba-tiba zombi berundur. Ternyata haiwan peliharaan adalah ancaman kepada zombi dan juga makhluk asing, dan mereka mula menangkap haiwan dan menguncinya dalam sangkar. Dalam permainan Animals vs Zombies, anda akan membantu wira membebaskan haiwan peliharaannya dan melawan zombi dan makhluk asing.
