Sejak kebelakangan ini, Kerajaan Cendawan sunyi dan tenang, malah tiada siapa yang menculik Puteri Peach. Di satu pihak, ini menggembirakan Mario tukang paip, dan sebaliknya, ia melegakannya. Malah penjahat Bowser sedang bersembunyi. Dalam permainan Run Mario Run, Mario memutuskan untuk mula berjoging setiap hari untuk kekal cergas dan bersedia menghadapi sebarang kemungkinan. Bowser terkejut dan dia segera meletakkan kaki tangannya di semua jalan untuk merosakkan tukang paip. Bantu wira dengan cekap melompat melepasi halangan dan penjahat kecil dalam Run Mario Run.
