Ladang anda di Farmers Versus Aliens berada di bawah ancaman serius dari angkasa lepas. Atas sebab tertentu, makhluk asing dari galaksi yang jauh memutuskan untuk menculik haiwan dari ladang anda, dan ini sama sekali tidak baik. Tiada apa yang dapat menjelaskan kehilangan makhluk hidup; siapa yang akan percaya bahawa makhluk asing mencuri lembu, biri-biri, babi dan kuda. Anda perlu menyembunyikannya dan untuk melakukan ini, anda mesti membantu petani memandu setiap haiwan ke kawasan segitiga hijau di mana haiwan yang sepadan dilukis. Ini akan menyembunyikan semua makhluk hidup anda daripada mata makhluk asing. Tetapi cepat, jika tidak mereka akan memulakan Operasi Peladang Lawan Alien.
