Pengembaraan Mario diteruskan dalam Super Mario Flash 2. misinya sebelum ini untuk menyelamatkan Puteri Peach berjaya, tetapi wira itu tidak perlu berehat lama. Puteri malang itu diculik lagi dan kali ini dilakukan oleh seekor naga. Dia meletakkan tawanan di menara dan menuntut penyerahan sepenuhnya daripada Kerajaan Cendawan. Mario belum sempat berehat, tetapi meneruskan perjalanan semula. Kali ini dia perlu menghadapi lebih banyak musuh, mereka akan menyerang beramai-ramai. Cepat dan tangkas semasa anda melompat ke atas kepala musuh anda dan memusnahkan mereka dalam Super Mario Flash 2.
