Kehidupan di Kerajaan Cendawan sekali lagi terganggu dengan penculikan Puteri Peach. Bowser tidak boleh bertenang dan tidak dapat mencipta sesuatu yang baharu kecuali menculik puteri. Mario dalam Super Mario Flash akan pergi dalam perjalanan untuk menyelamatkan seorang gadis, ini bukan kali pertama baginya, dan anda mempunyai sebab untuk sekali lagi menjadi peserta dalam pengembaraan yang menyeronokkan. Bimbing Mario merentasi platform, melompat ke atas cendawan dan penyu jahat. Cari agaric lalat ajaib besar yang akan menjadikan tukang paip menjadi Super Mario. Di samping itu, anda boleh menemui bunga ajaib di platform, yang juga akan menguatkan wira dan memberinya kekuatan dalam Super Mario Flash.
