Wira permainan Counter-Strike: Reboot akan, dengan bantuan anda, mengambil bahagian dalam dua belas misi. Kerana kandungannya dirahsiakan, matlamat akan didedahkan semasa anda menyelesaikan misi sebelumnya. Yang pertama dipanggil Alpha dan tugas anda adalah untuk menangkis serangan pengganas yang ingin menawan pangkalan anda. Pada misi lain, anda perlu melaksanakan tugas lain, seperti: membebaskan tebusan, memusnahkan pangkalan pengganas, membersihkan lombong dan sebagainya. Semua misi terhad dalam masa, anda perlu menyelesaikan masalah dengan cepat dan cekap dalam Counter-Strike: Reboot.
