Ninja muncul pada zaman pertengahan Jepun dan berkhidmat sebagai pengintip, peninjau, dan pensabotaj peninjau. Mereka memakai pakaian gelap, menutup muka dan kebanyakannya beroperasi pada waktu malam, bergerak secara senyap dan menyelesaikan tugasan yang diberikan. Semua ninja menguasai seni ninjutsu. Pada asasnya, ninja ialah sejenis pahlawan yang digunakan dalam operasi khas, seperti pasukan khas Jepun. Wira permainan Ninja Speed Runner juga diamanahkan dengan misi rahsia, jadi dia bergerak dengan pantas. Shurikens terbang ke arahnya, dari mana dia mesti mengelak dan anda akan membantunya dengan ini, memaksa wira untuk melompat atau itik dalam Ninja Speed Runner.
