Ninja itu belajar untuk masa yang lama dan akhirnya tiba masanya untuk menggunakan pengetahuan dan kemahirannya dalam Dark Ninja Hanjo. Sensei memberitahu pelajarnya bahawa dia sudah bersedia untuk memulakan kehidupan berdikari, tetapi pada masa yang sama, bekas pelajar itu diminta untuk menjalankan misi yang sangat penting untuk memulihkan bandar. Misi ini akan menunjukkan betapa bersedianya wira itu. Kota itu dimakan oleh kegelapan; untuk membebaskannya, anda perlu melawan syaitan atau pahlawan yang dirasuk. Ninja akan dapat menunjukkan apa yang dia mampu. Terima arahan daripada guru; pada peringkat awal, dia akan menemani pelajarnya, tetapi kemudian anda perlu bertindak sendiri dalam Dark Ninja Hanjo.
