Wira permainan Murder Case Clue 3D ialah seorang budak lelaki bernama Tom yang suka cerita detektif. Dia telah membaca semua karya tentang Sherlock Holmes dan Hercule Poirot dan tahu dengan tepat apa yang dia akan menjadi apabila dia dewasa. Lelaki itu telah lama bermimpi untuk menyiasat jenayah sebenar. Tetapi siapa yang akan membenarkannya, kerana dia masih remaja. Namun, kehidupan kadangkala membawa kejutan. Apabila rakan-rakan menjemput budak lelaki itu untuk menghabiskan hujung minggu bersama mereka di sebuah rumah desa, dia tidak tahu bagaimana ia boleh berakhir. Tiba di alamat yang dinyatakan dan mencari rumah yang dikehendaki, wira mendapati ia kosong. Semua rakan keluar untuk memberi kenyataan kepada polis kerana pembunuhan telah berlaku di dalam rumah. Walaupun tiada sesiapa di situ, budak lelaki itu memutuskan untuk menyiasat kejadian itu. Tiada siapa yang akan menghalangnya daripada mencari bukti, dan anda akan membantu dengan cepat membuktikan kebenaran dalam Petunjuk Kes Pembunuhan 3D.
