Hujan neon yang pelik menimpa bandar di Neon Rain. Fenomena ini berlaku pada lewat malam dan kebanyakan penduduk bandar tidak menyedari apa-apa. Tetapi akibatnya mula muncul sedikit kemudian. Di jalan-jalan di lorong-lorong gelap yang tiada pencahayaan, siluet manusia bercahaya aneh muncul. Serupa dengan hantu. Pada mulanya, mereka menakutkan orang yang lalu lalang yang kesepian pada waktu malam, tetapi kemudian mereka mula berkelakuan agresif dan kes pembunuhan yang disebabkan oleh seorang lelaki neon menjadi lebih kerap di bahagian-bahagian yang berlainan di bandar. Seorang askar upahan telah dihantar untuk menangani makhluk aneh dan kini berbahaya ini. Pada masa itu, orang neon juga telah mempersenjatai diri mereka sendiri, jadi pertempuran akan hampir sama dalam Hujan Neon.
