Kilang pengeluaran animatronik telah ditutup untuk masa yang lama, tetapi sedozen pengawal telah hilang di sana dan sesuatu perlu dilakukan mengenainya. Ia telah memutuskan untuk menutup kilang, menutupnya dengan ketat. Tetapi pertama-tama anda perlu melakukan pembersihan, memusnahkan sisa animatronik, jika ada. Dalam permainan FNAF Shooter, anda melengkapkan diri anda dengan dua pistol pada masa yang sama dan pergi melihat bengkel. Satu kejutan menanti anda: ternyata terdapat lebih banyak mainan jahat berbanding sebelum kilang ditutup. Selama ini mereka secara rahsia telah menubuhkan pembiakan diri dan pada setiap peringkat animatronik akan melompat keluar di hadapan anda satu demi satu. Hanya ada masa untuk menembak mereka dalam FNAF Shooter.
