Dalam bahagian kedua permainan Pandemic 2, anda akan meneruskan misi anda untuk memusnahkan semua manusia sebagai wabak yang membawa maut. Permainan bermula dengan anda memilih jenis penyakit: virus, bakteria atau parasit. Anda kemudian akan memilih titik permulaan untuk jangkitan anda. Dari sana anda perlu menyebarkan penyakit anda ke seluruh dunia. Dengan menyebar ke seluruh dunia, anda boleh memperbaiki penyakit anda dan menjadikannya supaya orang ramai tidak menghidapinya. Sentiasa mengubah suai virus anda supaya manusia tidak dapat mencari penawar untuknya. Jadi secara beransur-ansur anda akan memusnahkan seluruh penduduk planet ini dalam permainan Pandemic 2
