Ninja itu baru pulang dari pendakian dan memutuskan untuk melawat biara asalnya, tempat dia belajar dan guru kegemarannya, yang memberinya sejumlah besar pengetahuan dan mengajarnya bagaimana mengawal tubuh dan rohnya. Dia mendapati para bhikkhu dalam keputusasaan dan kekecewaan yang besar. Sehari sebelumnya, samurai merah menyerang biara dan mencuri koleksi batu purba dengan rune. Ini adalah batu suci yang telah disimpan di biara selama berabad-abad. Wira kami bersumpah untuk mengembalikan semua yang dicuri dan segera memulakan perjalanannya. Bantu wira dalam Ninja Run memenuhi misi sucinya. Ninja akan berlari, dan anda akan membantu dia melompat ke atas halangan dan mengatasi musuh dalam masa, mengumpul batu.
