Beberapa prototaip telah dicipta dalam Matriks, dan salah satu daripadanya, nombor 09435, ternyata menjadi yang paling berjaya. Ini adalah budak digital yang mula berkembang dengan cara yang menakjubkan dengan cepat dan tidak lama lagi dia mahu meneroka dunia luar. Dia menemui jalan untuk meninggalkan matriks dan pergi ke Prototaip Guy. Pencipta memutuskan untuk tidak mengganggu lelaki itu, mereka meminta anda untuk membantunya menyesuaikan diri, mengatasi halangan. Ia adalah perlu untuk melompat ke atas pancang tajam dan robot persegi. Dengan cara ini, robot boleh dimusnahkan jika anda melompat terus di atasnya. Jika halangan tidak diatasi, wira akan bermula sekali lagi dalam Prototype Guy.
