Buah-buahan dalam Fruit Ninja tidak dimaksudkan untuk dimakan sebagai salad atau hanya untuk keseronokan. Sekumpulan buah-buahan telah dikumpulkan oleh wira permainan ninja, supaya tidak kehilangan kemahirannya dengan pedang katana. Wira itu bekerja sebagai tukang masak di sebuah kafe, beberapa tahun lalu dia meninggalkan negara asalnya bukan atas kehendaknya sendiri, tetapi bersembunyi dari mafia tempatan. Tetapi tangan mafia itu panjang dan mereka boleh menemuinya pada bila-bila masa, yang bermakna anda perlu bersedia dan latihan diperlukan. Dan kerana tiada peralatan sukan khas di tangan, anda perlu menggunakan buah-buahan. Pembantu akan membaling tembikai, pisang, epal, kiwi dan buah-buahan lain, dan anda akan memotongnya dalam Fruit Ninja.
