Kiamat boleh berlaku untuk pelbagai sebab, dalam permainan Apocalypse Run anda akan membantu wira yang berada di tengah-tengah kiamat yang muncul akibat kebangkitan mesin. Kecerdasan buatan, penampilan yang sangat ditunggu-tunggu dan sangat dikagumi kerana perkembangan pesatnya, memutuskan bahawa sekarang ia tidak memerlukan orang. Lebih-lebih lagi, mereka bahkan berbahaya, kerana mereka melakukan semua yang salah, sering berkelakuan tidak rasional, memusnahkan alam sekitar dan membunuh jenis mereka sendiri. Kepercayaan yang kuat telah terbentuk dalam minda mesin bahawa manusia adalah kejahatan utama di planet ini dan mesti dimusnahkan. Maka bermulalah kemusnahan sistematik manusia, dan wira Apocalypse Run mahu mengelakkan ini dan anda akan membantu dia melawan robot.
