Teka-teki permata sangat popular dan terdapat banyak daripadanya dalam ruang permainan, memberikan pemain pilihan terluas. Permainan Gem Drop 3D pada asasnya berbeza daripada yang serupa, walaupun prinsip mengumpul batu tidak berubah. Anda mesti menyusun tiga atau lebih permata yang sama atau elemen lain supaya ia dikeluarkan, dan dengan itu anda akan menyelesaikan tugasan. Dalam permainan ini anda akan menghadapi keadaan khas. Permata disusun dalam 3D, jadi untuk melihat kombinasi yang berpotensi, anda perlu memutar set permata dan menyusunnya. Mana yang perlu ditukar dalam Gem Drop 3D.