Seorang ninja berani bernama Kyoto mesti naik ke atas bumbung bangunan tinggi. Anda dalam permainan Ninja Up akan membantu watak dalam pengembaraan ini. Di hadapan anda, ninja anda yang berdiri di atas tanah akan kelihatan pada skrin. Pada isyarat, watak anda akan mula melompat ke ketinggian tertentu. Anda perlu melukis garisan di bawah ninja dengan tetikus. Sebaik sahaja anda melukisnya, tali getah khas akan muncul. Wira anda, setelah jatuh di atasnya, akan membuat lompatan dan terbang ke atas. Jadi dengan menarik tali ini dalam permainan Ninja Up, anda secara beransur-ansur akan membantu wira untuk memanjat ke atas bumbung bangunan. Pada masa yang sama, di sepanjang jalan, anda perlu membantu ninja mengumpul barang-barang yang akan digantung di udara di pelbagai tempat di padang permainan. Untuk pemilihan mereka dalam permainan Ninja Up akan memberi anda mata.
