Semasa menjalankan peninjauan, pahlawan ninja itu jatuh ke dalam perangkap dan dapat menangkap samurai tersebut. Wira kami dapat keluar dari sangkar dan kini dia perlu melarikan diri. Anda dalam permainan Ninja Escape akan membantu ninja dalam pengembaraan ini. Di hadapan anda, watak anda akan kelihatan pada skrin, yang secara beransur-ansur akan meningkatkan kelajuan dan berjalan di sepanjang jalan. Dalam perjalanannya akan ada halangan dan perangkap yang wira anda perlu atasi dengan pantas. Juga dalam perjalanan ninja akan ada samurai yang ingin memusnahkan wira anda. Anda, menggunakan senjata pelbagai senjata lontaran, perlu melemparkannya ke arah musuh. Apabila anda memukul musuh, anda akan memusnahkan mereka dan mendapat sejumlah mata untuk ini dalam permainan Ninja Escape.
