Ninja memutuskan untuk meregangkan kakinya dan berlari mengelilingi bandar mengumpul syiling. Dalam permainan Ninja Runner anda akan bertemu seorang wira dan membantunya mengatur parkour bandar. Tiada ketinggian yang tidak dapat diatasi untuk wira, anda boleh mengklik pada lelaki itu beberapa kali dan dia akan melompat ke mana-mana puncak: platform, menara dan puncak lain. Setelah berlari melalui tahap, anda boleh beralih ke tahap yang lain, tetapi berhati-hati, pada tahap baru akan ada halangan tambahan dalam bentuk pancang tajam yang anda tidak perlu lompat supaya tidak kehilangan hati kehidupan. Terdapat lebih banyak halangan yang tajam, yang bermakna anda perlu menjadi sangat pantas dan tangkas untuk menyelamatkan ninja daripada kehilangan nyawa dalam Ninja Runner.
