Jauh di dalam hutan tinggal seekor gorila bernama Donkey yang sentiasa membantu rakan-rakannya. Pernah watak kami memutuskan untuk pergi melawat saudara jauhnya yang tinggal di seberang hutan. Anda dalam permainan Super Donkey Kong 99 perlu membantu wira dalam pengembaraan ini. Watak anda akan kelihatan pada skrin di hadapan anda, yang, di bawah bimbingan anda, akan bergerak ke hadapan di sepanjang laluan, secara beransur-ansur meningkatkan kelajuan. Dalam perjalanan, watak anda perlu mengumpul pisang dan syiling emas yang bertaburan di merata tempat. Dia juga perlu mengatasi pelbagai perangkap dan halangan yang akan ditemui dalam perjalanannya.
