Anak kecil Thomas, yang melalui hutan, menemui Pokemon kecil. Anak lelaki itu berkawan dengannya dan kini membantu Pokemon berkembang. Hari ini mereka mesti pergi ke padang rumput ajaib dan mendapatkan makanan untuk Pokémon di sana. Dalam permainan Pukiimon, anda akan menyertai mereka dalam pengembaraan ini. Di hadapan anda di skrin anda akan melihat kawasan pembukaan yang terletak di hutan. Makanan akan terbang dari pelbagai arah. Dia akan muncul di ketinggian yang berbeza dan terbang dengan kelajuan yang berbeza. Anda harus cepat bertindak balas dengan mengkliknya dengan tetikus. Dengan cara ini, anda akan membahagikan objek menjadi bahagian yang sama, yang kemudian akan jatuh ke cakar pokemon. Setiap hits anda akan dinilai oleh sejumlah poin.