Perang meletus antara dua perintah ninja. Anda dalam permainan Ninja Versus Ninja akan mengambil bahagian dalam konfrontasi ini. Pada awal permainan, anda harus memilih watak anda. Di bawahnya anda akan diberikan senjata dan peluru. Selepas itu, wira anda akan berada di kawasan tertentu. Lawan anda akan berada di hujung lokasi yang bertentangan. Pada isyarat, anda harus bergerak ke arahnya. Sebaik sahaja anda menghampiri, pertarungan akan bermula. Anda boleh menyerang dengan pedang anda atau menggunakan senjata lempar. Tugas anda adalah membunuh musuh secepat mungkin dan mendapatkan mata untuknya. Dia juga akan menyerang anda. Anda harus mengelakkan pukulannya atau menghalangnya dengan pedang anda.
