Sekumpulan kecil banduan yang disabitkan secara tidak adil memutuskan untuk mengatur penjara. Dalam permainan Prison Break 3D, anda akan menolong mereka bebas. Di hadapan anda di layar anda akan melihat kumpulan anda berdiri di koridor penjara. Mereka dapat membuka kunci dan keluar dari sel. Sekarang anda perlu membimbing mereka di sepanjang laluan tertentu. Anda boleh mengawal tindakan mereka menggunakan kekunci kawalan atau tetikus. Sel dipasang di premis penjara, serta pengawal. Anda harus mempertimbangkan perkara ini. Laluan anda mesti berada di luar kawasan pengawasan kamera. Anda juga tidak boleh terperangkap oleh pengawal. Sekiranya ini berlaku, maka penggera akan diumumkan di penjara dan tahanan anda akan ditangkap.
