Benamkan diri anda dalam dunia fizik nuklear, tetapi jangan memuatkan otak anda dengan undang-undang dan peraturan, tugas anda dalam permainan Subatomic Wire akan jauh lebih sederhana dan lebih sederhana. Ini adalah mengenai mencipta atom yang stabil. Untuk melakukan ini, anda mesti menarik elektron dan proton ke dalamnya, menghubungkan titik hijau dengan garis pepejal hitam. Ia harus melintasi lapangan sedemikian rupa untuk mengumpulkan kotak biru dengan tanda minus. Pada masa yang sama, jalan-jalan mengelilingi kotak hitam sejauh mungkin, garis itu tidak boleh melintang, tetapi sejauh mungkin, sejauh yang memungkinkan. Sebaik sahaja anda menyambungkan garis, klik pada segitiga di bahagian bawah untuk memulakan. Sekiranya semuanya betul, anda akan beralih ke tahap seterusnya.
