Dalam masa yang akan datang, para saintis membangunkan sebuah kapal kecil yang khusus dengan mana ia dapat memusnahkan pelbagai jenis virus. Anda dalam Virus Hunter permainan akan mengawalnya. Sebelum anda berada di skrin, anda akan melihat tubuh manusia di dalamnya unit ini akan ditempatkan. Dia akan terbang maju ke hadapan dengan cepat. Dalam perjalanan pelbagai bakteria akan timbul. Anda perlu menembak tepat dari alat khas untuk jatuh ke dalam bakteria ini dan dengan itu memusnahkannya.
