Krusty Krab dan SpongeBob SquarePants membina menara pertahanan untuk melindungi daripada serangan plankton. Kedua-dua mereka memanjat ke atas bumbung galleon, meletakkan senjata dan memulakan operasi pertahanan. Terima dan anda mengambil bahagian dalam peperangan kapal selam ini dengan watak-watak utama permainan ini dan membantu mereka menang. Tembak sasaran seberapa tepat untuk memukul atas kematian tentera alga mikroskopik. Shell dengan Krusty Sponge Bob dan keseluruhan turus air, bahawa tidak ada mata-mata tidak dapat menyelinap ke dalam kem mereka dan meletakkan bom di dalam kubu.