Alam semesta yang paling berbeza, satu demi satu, ditangkap oleh tandas raksasa Skibidi. Mario mengikuti berita dengan teliti dan memahami bahawa lambat laun mereka akan sampai ke Kerajaan Cendawan. Dia memutuskan untuk menghalang perkara ini dan pergi ke dunia yang ditangkap untuk memusnahkan penjahat di sana. Dia memutuskan perkara ini atas sebab tertentu, wira kami berkhidmat dalam perisikan untuk masa yang lama, walaupun hanya sedikit orang yang tahu mengenainya, dan mempunyai semua kemahiran yang diperlukan. Wira akan mendapati dirinya berada di wilayah yang telah ditawan oleh raksasa Skibidi. Seorang tukang paip yang mempunyai kemahiran mengintip mesti meninjau kawasan itu dan cuba membuat semuanya senyap mungkin. Walau bagaimanapun, diam sepenuhnya tidak dapat dicapai. Kawal pergerakannya dengan anak panah. Dalam perjalanan akan ada halangan yang anda perlukan untuk melompat. Perlanggaran tidak dapat dielakkan dan ia patut disiapkan terlebih dahulu untuk menyerang dari kedudukan yang paling sesuai. Anda tidak akan dapat menggunakan senjata, kerana tembakan yang kuat akan menarik perhatian yang tidak perlu kepada orangnya. Libatkan diri dalam pertempuran tangan dengan musuh, pukul dengan kekunci Z dan maju ke hadapan dalam Super Spy Mario VS Skibidi Toilet. Setiap tahap yang telah selesai akan diberi ganjaran dan anda akan dapat menguatkan Mario.