Dalam Ben 10: Brains vs Bugs anda perlu membantu makhluk asing hijau yang lucu untuk membebaskan rakannya yang diculik. Di hadapan anda, watak anda akan kelihatan pada skrin, yang akan terletak di lokasi tertentu. Menggunakan kekunci kawalan anda akan membimbing tindakannya. Wira anda perlu berjalan di sepanjang laluan tertentu, mengatasi pelbagai perangkap dan bahaya lain. Dalam perjalanan, dia akan mengumpul syiling emas dan barangan berguna lain yang akan membawa anda mata dalam permainan Ben 10: Brains vs Bugs dan boleh memberikan watak pelbagai jenis bonus. Selain itu, watak anda perlu melawan pepijat yang akan ditemui dalam perjalanannya.