Walaupun kita sibuk di planet kita, menyusun hubungan antara negara, rakyat dan juga antara jiran, perubahan global berlaku di angkasa dari segi pengagihan semula pengaruh. Permainan Alien War akan membolehkan anda campur tangan dalam konflik antara dua kaum utama dan anda akan berpihak kepada salah seorang daripada mereka, yang dianggap lebih maju dan aman. Walau bagaimanapun, musuh juga mempunyai tentera yang kuat, dia bertujuan untuk kemenangan dan telah berjuang selama lebih dari satu abad. Tugas anda adalah untuk tidak membiarkan kapal musuh melalui dengan menembak mereka kosong. Oleh kerana akan ada banyak daripada mereka, anda perlu bergerak, menukar ketinggian dan arah, supaya tidak mendapat di bawah api dalam Perang Alien.