Lelaki muda Naruto dianggap antara pejuang tangan-ke-tangan terbaik. Sering kali, pahlawan kita membantu dalam memerangi perintah ninja gelap. Jadi hari ini dia perlu menyelesaikan sejumlah misi dan dalam permainan Naruto Ninja Council anda akan membantunya dalam hal ini. Watak anda akan kelihatan di layar di hadapan anda, yang akan berada di kawasan tertentu. Dengan menggunakan kekunci kawalan, anda akan menjadikan pahlawan anda bergerak maju. Dalam perjalanannya akan menemui rintangan dan perangkap, yang harus dilalui oleh Naruto atau melompat dengan pantas. Sebaik sahaja anda bertemu musuh, pertempuran bermula. Anda harus memukul musuh dengan pukulan dan tendangan, serta melakukan teknik. Tugas anda adalah mengalahkan lawan dan mendapatkan mata untuknya.