Dunia penghuni jeli itu besar dan pelbagai, dan di antara mereka terdapat puak prajurit ninja. Mereka berbeza dari jeli biasa dengan pembalut hitam, sementara mereka sendiri boleh mempunyai warna apa pun. Klan ini juga mencabar anda dalam permainan Jelly Ninja. Anda hanya perlu memilih mod permainan: untuk sementara waktu atau melawan kesalahan. Mod berjangka mengandaikan bahawa anda bermain selama satu minit, tetapi boleh bertahan jika anda menangkap jam penggera terbang. Dalam mod bebas ralat, anda akan bermain sehingga skala di sebelah kanan berubah menjadi merah, dan ini akan berlaku sekiranya anda terlepas sebilangan jeli sebelum anda memotongnya. Ada banyak ninja jeli yang tidak dapat dikalahkan dengan sapuan pedang.