Ninja berani Kyoto menerima tugas dari ketua perintahnya dan anda dalam permainan Super Ninja Hero akan perlu membantunya menyelesaikannya. Wira anda akan perlu masuk ke istana seorang bangsawan melalui penjara bawah tanah dan mencuri dokumen penting dari sana. Semua penjara bawah tanah akan menjadi halangan berterusan. Anda dengan pantas mengawal wira anda akan perlu mengatasi mereka semua. Juga, wira anda akan perlu berjuang dengan pelbagai raksasa dan askar perlindungan, yang berada dalam labirin ini. Dalam perjalanan, anda perlu mengumpulkan pelbagai barangan dan senjata yang tersebar di mana-mana.